みなさん、こんばとらー。仕事で遺伝子発現データベースを作っているのですが、表示するグラフが Pixiv が保有する全イラスト数である490万枚 (2009/06発表) を越えてしまいました、やりました!(なにが? 所内の内部向けなので、PVが数百ですがw むこうは2億PV。
画像を吐くために Sun Grid Engine で PC クラスタをぶんまわしたりしています、頭わるいですね。数値データをグラフにするだけなので、WWWサーバで on the fly でグラフを描画すべきなのですが、サーバが Celeron, メモリ 800MB というという有様だったので躊躇していました。今回は新しいサーバに引っ越したので、R で on the fly 描画にトライしたいと思います。
まずは mod_R, いわゆる rapache というまぎらわしい名前のパッケージをセットアップし動作するところまでやってみましょう。環境は Ubuntu 9.10 です。
rapache のインストール
まず、R を apt の source list に入れる。これで apt で最新の R を入れ放題。
deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu intrepid/
次に rapache と関連パッケージを入れます。
apt-get install r-base-dev apache2-mpm-prefork apache2-prefork-dev wget http://biostat.mc.vanderbilt.edu/rapache/files/rapache-latest.tar.gz rapachedir=`tar tzf rapache-latest.tar.gz | head -1` tar xzvf rapache-latest.tar.gz cd $rapachedir ./configure make make instal
rapacheの設定
それでは Apache の設定をしましょう。最近は Ruby on Rails を使うので Apache の設定はひさしぶりです。
sudo emacs -nw /etc/apache2/mods-available/R.load LoadModule R_module /usr/lib/apache2/modules/mod_R.so
sudo emacs -nw /etc/apache2/mods-available/R.conf <IfModule mod_R.c> ROutputErrors <Location /RApacheInfo> SetHandler r-info </Location> </IfModule>
cd /etc/apache2/mods-enabled sudo sudo ln -s ../mods-available/R.load sudo sudo ln -s ../mods-available/R.conf
Apache を再起動する。
sudo /etc/init.d/apache2 restart * Restarting web server apache2 apache2: Could not reliably determine the server's fully qualified domain name, using 127.0.1.1 for ServerName ... waiting apache2: Could not reliably determine the server's fully qualified domain name, using 127.0.1.1 for ServerName ...done.
これで apache の設定は完了。
http://localhost/RApacheInfo/
にアクセスするとサーバーの状態が表示されます。
RでCGIを書いてみる
さっそく、Hello, world しましょう。
まずは Apache の設定をします。
sudo jed /etc/apache2/sites-available/default
# rapache
<Directory /var/www/rapachetest>
SetHandler r-handler
RFileHandler /var/www/R/test.R
</Directory>
sudo mkdir /etc/www/R sudo mkdir /etc/www/rapachetest cd /etc/www/R
Hello, world のコード書きます。
sudo jed test.R
# Functions
header <- function() {
setContentType("text/html")
}
html.head <- function(content) {
cat("<head>\n")
cat(content)
cat("</head>\n")
}
html.body <- function(content) {
cat("<body>\n")
cat(content)
cat("</body></html>\n")
}
# Main
header()
html.head("<title>Test</title>")
html.body("Hello, world!\n")
以下にアクセスします。 http://localhost/rapachetest/
これで終了です。今回は rapache の設定と hello, world をやってみました。次回はグラフを画像を吐いてみます。
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